Sejarah Bank Mega Syariah berawal dari PT Bank Umum Tugu (Bank Tugu). Bank umum yang didirikan pada 14 Juli 1990 tersebut diakuisisi CT Corpora (d/h Para Group) melalui Mega Corpora (d/h PT Para Global Investindo) dan PT Para Rekan Investama pada 2001. Bank Indonesia mengizinkan Bank Tugu dikonversi menjadi PT Bank Syariah Mega Indonesia (BSMI) pada 27 Juli 2004. Pengonversian tersebut dicatat dalam sejarah perbankan Indonesia sebagai upaya pertama pengonversian bank umum konvensional menjadi bank umum syariah. Pada 25 Agustus 2004, BSMI resmi beroperasi. Hampir tiga tahun kemudian, pada 7 November 2007, pemegang saham memutuskan perubahan bentuk logo BSMI ke bentuk logo bank umum konvensional yang menjadi sister company-nya, yakni PT Bank Mega, Tbk., tetapi berbeda warna. Sejak 2 November 2010 sampai dengan sekarang, bank ini berganti nama menjadi PT Bank Mega Syariah.